У 1946 році була створена команда з тією ж назвою, яка виступала в чемпіонаті Києва. У 50-ті роки «Динамо-2» брало участь в клубному чемпіонаті України (1950—1951 рр. та 1956—1959 рр.), але в фінальних турнірах команда грала без особливих успіхів.

Нове відродження команди відбулося в 1992 році, «Динамо-2» було включене до змагань першого національного чемпіонату України серед команд першої ліги.Дебют молодих динамівців треба вважати успішним. Кияни посіли 7 місце у групі «А». З самого початку динамівці не переслідували серйозних завдань, посідаючи місця в середині турнірних таблиць. Але згодом ситуація змінилася.

Перший успіх прийшов до киян в сезоні 1996/97 рр., коли динамівці стали володарями срібних нагород чемпіонату, а нападаючий киян Олексій Пантюхін став кращим бомбардиром чемпіонату. За підсумками згаданого сезону динамівці вибороли путівку до вищої ліги, оскільки тогочасний регламент цього не забороняв, але здоровий глузд взяв гору і у вищу лігу перейшов маріупольський «Металург», який в тому сезоні був третім призером чемпіонату. В наступному сезоні футболісти «Динамо-2» повторили свій успіх, а в сезонах 1998/99, 1999/2000 та 2000/01 р.р. ставали чемпіонами України серед команд першої ліги. «Динамо-2» тричі вигравало «мале золото» першості України. Двічі «біло-блакитні» були другими і одного разу задовольнилися «бронзою». Успіхи, що прийшли до команды, починаючи з другої половины 90-х, пов'язані насамперед специфікою регламенту. Досить довго він дозволяв гравцям основного складу виходити у формі другої команди, а траплялося, й третьої команди клубу, що викликало справедливі нарікання з боку інших учасників змагань.

Як би там не було, а триразовими чемпіонами України в складі «Динамо-2» стали: В.Кернозенко, О.Радченко, О.Венглинський, А.Несмачний,С.Коновалов, С.Федоров, В.Кардаш, О.Герасименко, В.Єзерський, С.Серебрянников, Д.Михайленко, А.Яшкін, В.Лисицький. Усі вони входили до складу збірної України ..

У 2004 році ПФЛ нарешті зважилася на певні обмеження щодо обміну гравців між клубами. Спочатку «основі» дозволили делегувати у дочірню команду максимум чотирьох гравців, а починаючи з 2005 року, після введення змагань дублюючих складів, футбольні функціонери дозволили рух лише в одному напрямку - знизу вверх. Причому, без жодних обмежень. Зате будь-хто з гравців будь-якої команди клубу без проблем може грати за «дубль». Згадані обставини, безперечно, наклали свій відбиток на виступи «Динамо-2». Після п'яти поспіль призових місць у 1997-2001 роках, у чотирьох наступних сезонах динамівська молодь потрапила до числа призерів лише одного разу, в сезоні 2002/03 рр. У двох наступних сезонах кияни фінішували четвертими.
<br /> Загалом у першій лізі футболісти «Динамо-2» провели 598 матчів: 299 перемог, 151 нічиїх, 148 поразок, різниця м'ячів 988-526=+462.

Найбільше всіх матчів у складі киян провели: С.Федоров- 190, О.Венглинський-168 та В.Кернозенко-164.

Кращі бомбардири команди: О.Венглинський — 63, О.Алієв — 49, А.Гусін — 36, В.Самойлов — 35, Д.Воробей — 33, О.Косирін — 28, А.Зав'ялов — 25, Д.Михайленко — 22, І.Костюк — 22, О.Антюхін — 22, С.Серебрянников — 21 м'яч.

Рекордсмен «Динамо-2» за сезон О.Антюхін — 22 м'яча (1996/97р.р.). В Кубку України футболісти «Динамо-2» провели 19 матчів: 6 перемог, 6 нічиїх, 7 поразок, різниця м'ячів 28-32=-4.

Кращі бомбардири: Андрій Шевченко - 5, В.Бєлкін-3 м'яча.

Кращий показник киян в Кубку України — вихід до 1/8 фіналу, де вони поступилися донецькому «Шахтарю» - 0:2 в додатковий час ( 1995/96 р.р.).

Найбільша перемога в Кубкових матчах над дніпропетровським «Дніпром» з рахунком 3:1, а поразка від одеського «Чорноморця» - 0:4.

Досягнення:

Чемпіон України серед команд першої ліги: 1998/1999, 1999/2000, 2000/2001
Найбільша перемога: 8:0 над «Авангардом-Індустрія» Ровеньки (сезон 1997/98 рр.);
Найбільша поразка: 0:5 від «Прикарпаття» Івано-Франківськ (сезон 2007/08 рр.).
Найрезультативніший матч: 7:5 «Металіст» Харків — «Динамо-2» (сезон 2003/04 рр.).

Інформація зібрана на:
http://uk.wikipedia.org/wiki/Динамо-2_(Київ)
www.fcdynamo.kiev.ua/dynamo2/