Команда створена в 1947 році як збірна Овідіопольського району. З 1959 року захищала кольори КХП ім. Дзержінського і носила назву «Дзержінець». У 1989 році перейшла під прапори Овідіопольської селищної ради, отримавши клубний статус і назву «Дністер». У 1991 році зареєстрована юридично самостійна громадська організація «Футбольний клуб «Дністер» Овідіополь». У 1998 році клуб отримав статус члена Асоціації Аматорської Ліги України, а з 2001 року є членом Професіональної футбольної ліги України. У 2008 році клуб реорганізований в товариство з обмеженою відповідальністю «Футбольний клуб «Дністер» Овідіополь».

Краще досягнення в першій лізі: 9 місце (2008/09).

Найкрупніші перемоги: у першій лізі - 5:0 («Прикарпаття» Івано-Франківськ -2008/09), в другій - 5:0 («Рось» Біла Церква - 2004/05, «Княжа» Щасливе, «Інтер» Боярка-2006/07).

Найкрупніші поразки: у першій лізі - 0:5 («Динамо-2» Київ - 2007/08), в другій - 0:4 («ОЛКОМ» Мелітополь - 2001/02).

Більше всього матчів провів Андрій Ущаповський (173), в першій лізі - Юрій Штурко (69), в другій - Сергій Бабин (160).

Кращий бомбардир - Вадим Юрченко (18 м'ячів), в першій лізі - Валентин Полтавец (13), в другій - Вадим Юрченко (17).

Рекордсмени за сезон: у першій лізі - Олександр Згура (11 м'ячів - 2007/08), в другій - Олександр Бондаренко (2002/03), Олександр Краснянський і Костянтин Кулік (2003/04) - по 8 м'ячів.

У Кубку України: (2002/03 - 2008/09): 12 матчів, 4 перемоги, 1 нічия, 7 поразок, м'ячі 18-22. Краще досягнення: вихід в 1/8 фіналу (2007/08). Найкрупніша перемога: 4:2 («Єдність-2» Плиськи - 2008/09). Найкрупніша поразка: 1:4 («Металіст» Харків - 2008/09). Більше всього ігор провели: Сергій Бабин і Андрій Негара (8). Кращий бомбардир: Олександр Пінчук (3 м'ячі).

Досягнення:

Переможець першості України серед команд 2 ліги (група А) - 2006/07
Чемпіон України серед аматорів - 1999
Фіналіст Суперкубка України серед аматорів - 2000
Чемпіон Одеської області - 1980, 1981, 1991, 1997/98, 1998/99, 1999/00, 2000 (осінь).
Володар Кубка Одеської області (на призи газети «Чорноморська комуна») - 1972, 1981, 1982.
Володар Кубка Одеської області пам'яті Н.Трусевіча - 1998/99, 1999/00.
Володар Кубка Федерації футболу Одеської області - 1997.
Володар Суперкубка Одеської області - 1999.
Володар Кубка облради «Колос» - 1971, 1976.
Переможець зимової першості Одеської області пам'яті Сергія Раздорожнюка - 1996, 1999/00, 2000/01.
Учасник Кубка регіонів УЄФА-2000/01 (2-е місце у відбірному турнірі).1996, 1999/00, 2000/01.